Gli organi del CIPEI sono:
il Direttore: Massimo M. Augello
il Comitato scientifico, composto dal Direttore (Massimo M. Augello), dal responsabile del Sistema Bibliotecario dell’Università di Pisa e da tutti i docenti appartenenti ai settori scientifico-disciplinari di Storia del pensiero economico e di Storia economica delle Università di Firenze, Pisa e Siena;
il Consiglio direttivo, composto dal Direttore (Massimo M. Augello), dai tre membri nominati rispettivamente dai rettori degli Atenei fondatori (Antonio Magliulo, Massimo Di Matteo, Marco E.L. Guidi), dal coordinatore organizzativo del Sistema Bibliotecario dell’Università di Pisa che svolge anche le funzioni di segretaria del Consiglio direttivo.